Skólastjóri er skipaður af stjórn sjálfseignarstofnunarinnar og skal ráðning borin undir stjórn Félags Myndlistaskólans. Skólastjóri sem jafnframt er framkvæmdastjóri stofnunarinnar skal ávallt vera myndlistamenntaður og hafa háskólamenntun eða ígildi hennar á því sviði. Skólastjóri á rétt til setu á stjórnarfundum þótt hann sé ekki stjórnarmaður. Heimilt er að skólastjóri sé jafnframt í stjórn stofnunarinnar, þó ekki sem stjórnarformaður. Skólastjóri ræður deildarstjóra og aðra starfsmenn skólans.

Skólastjóri hefur með höndum stjórn á daglegum rekstri stofnunarinnar og kemur fram fyrir hönd hennar í öllum málum sem varða venjulegan rekstur hennar, menntunar- og uppeldishlutaverk, þróunarstarf, gerð skólanámskrár og ráðningu starfsliðs. Skólastjóri sér um fjárreiður og ber ábyrgð á eignum og rekstri skólans. Skólastjóri sér um að lögum og reglum um skólastarfið sé framfylgt, kallar saman stjórnarfundi, kennarafundi, skólafundi og skólaráð. Skólastjóri ber ábyrgð á innra mati, sér til þess að fyrir liggi upplýsingar um skólastarfið og nauðsynlegar skýrslur og tekur afstöðu til og úrskurðar um ágreiningsmál sem upp koma innan skólans. Skólastjóri er faglegur leiðtogi stofnunarinnar.

Skólastjóri er Áslaug Thorlacius