Myndlistaskólinn hefur frá upphafi átt í víðtæku samstarfi við fjölda skóla, stofnana og fyrirtækja um sýningar og viðburði, námskeiðahald, kennara- og nemendaskipti og samræðu um kennsluhætti. Skólinn hefur sömuleiðis um langt skeið átt í miklu samstarfi við skóla og stofnanir í útlöndum.

Myndlistaskólinn í Reykjavík er opinn fyrir samstarfi og tekur þátt í fjölbreyttum innlendum samstarfsverkefnum við einstaklinga, skóla, félög, söfn, listahátíðir og aðrar stofnanir á sviði menningar og menntunar.

Skólinn hefur átt í miklu og margvíslegu samstarfi við Reykjavíkurborg frá fyrstu dögum, einkum og sér í lagi í tengslum við kennslu barna og unglinga.

Í samstarfi við Fjölmennt – símenntunar og þekkingarmiðstöð hefur skólinn um árabil annast vinnustofu fyrir listamenn með þroskahömlun auk þess að þróa tveggja ára nám fyrir nemendur með þroskahömlun.

Skólinn var um árabil í samstarfi við Iðnskólann í Reykjavík, síðar Tækniskólann – skóla atvinnulífsins um fornám, námsbrautir í keramiki, teikningu og textíl og um kennslu kjörsviðs- og valáfanga í keramiki. Einnig var um tíma náið samstarf við Kvennaskólann í Reykjavík um bóklegar kjarnagreinar á listnámsbraut og myndlistarkennslu á brautabrú Kvennaskólans. Skólinn hefur ennfremur átt gott samstarf við ýmsa aðra framhaldsskóla á umliðnum árum.

Gott samstarf hefur verið við samtökin Blind börn á Íslandi og Sjónstöð Íslands um nám fyrir blind og sjónskert börn og myndlistakennara þeirra. Einnig hefur skólinn verið í samstarfi við Lyngás og Sogn, réttargæsludeild og boðið einstaklingum með mikla hreyfihömlun að stunda nám við skólann.